Roggebrood is zeer gevoelig voor schimmels door het hoge vochtgehalte en de voldoende aanwezigheid van voedsel in de vorm van suikers. Door het lange bakproces van roggebrood worden de schimmels inactief. Wel is het zo dat deze schimmelsporen hebben kunnen achterlaten en weer actief kunnen worden onder de juiste omstandigheden. Hierdoor kan het roggebrood alsnog beschimmelen door een gebrek aan hygiëne bij het afkoelen, snijden en verpakken. Het toevoegen van een anti-schimmelpreparaat aan het deeg kan de houdbaarheid verlengen.

Ongeopend is roggebrood ongeveer 4 weken houdbaar in de vriezer. Na deze periode wordt het brood niet slecht, maar begint het wel uit te drogen. De houdbaarheid van een geopende verpakking is zowel bij donker als licht roggebrood ongeveer 7 tot maximaal 14 dagen. Het is belangrijk om roggebrood koel te bewaren, maar dit hoeft niet noodzakelijk in de koeling te gebeuren. Een koele, donkere plaats zoals een kelder voldoet ook. Het bewaren in een goed sluitende verpakking voorkomt uitdroging. Bij het verpakken in aluminiumfolie kan het roggebrood nog worden ‘gepasteuriseerd’, waarbij het een uur in de oven op 145°C wordt verhit.