Het invriezen van koekjes wordt niet veel toegepast. Veel koekjes zijn op kamertemperatuur, mits goed luchtdicht verpakt, enkele maanden houdbaar. De bakker kan er dan voor kiezen om deze vers te bakken en na het afkoelen direct te verpakken, in plaats van de koekjes in te vriezen. Koekjes die een kortere houdbaarheid hebben of bewerkelijker zijn kunnen worden ingevroren en bewaard.

Amandelkoekjes kunnen prima worden ingevroren en blijven zelfs goed taai en worden niet hard. Ze kunnen diepgevroren op -20°C worden bewaard voor minimaal twee maanden of zelfs langer zonder dat de kwaliteit hierbij achteruit gaat. Na ontdooien blijft de oorspronkelijke taaiheid volledig behouden. Schuimkoekjes kunnen ook enkele maanden in de vriezer worden bewaard op -20°C. Na het ontdooien zijn de koekjes zacht, brokkelig van buiten en licht taai van binnen en is er weinig verschil te merken met versgebakken exemplaren. Zanddeegkoekjes van roer-, wrijf- en zetdeeg zijn verpakt in de vriezer voor 1 maand of langer te bewaren, omdat deze door de verpakking en de aard van het product weinig gevoelig zijn voor vochtverlies of vochtaantrekking. Korstkoekjes zijn minder geschikt voor diepgevroren bewaren, omdat deze vocht aantrekken en ‘slof’ kunnen worden.