Door het bakken wordt het brood zo goed als gesteriliseerd. Hoewel de temperatuur in de kern tijdens het bakken vaak niet boven de 100°C komt, ontstaat er in steriele omstandigheden geen schimmel in het brood. Als brood wordt besmet met bacteriën en schimmels, gebeurt dit na het bakken tijdens het koelen en verpakken (uitgezonderd de leng-bacterie).

De volgende schimmels komen voor in brood:

  • Penicillium (corylophilum, expansum, frequentans, roqueforti). Deze penseelschimmel slaat wit uit.
  • Aspergillus (flavus, niger, paecilomyces). Deze draadvormige schimmel komt van nature voor in hooi en compost.
  • Eurotium (amsteldami, crustosum, chrysogenum, verucosum, herbariorum, chevalieri). Dit zijn soorten kogelzakjeszwam.
  • Bacillus sibtilis in sporulatie. Dit is de leng-bacterie.

De oorzaken zijn meestal te vinden in onhygiënische ruimten en machines. Sporen zijn aanwezig in de lucht en dwarrelen neer op de korst. De korst is geen goede voedingsbodem, omdat het weinig vocht bevat. Door het snijden en verpakken, worden de sporen echter verplaatst naar de kruim. De kruim is wel een goede voedingsbodem voor schimmels en gisten.